在城市医疗改革全面启动的同时，广东省农村合作医疗保障制度也在逐步完善。广东省人大2001年12月4日通过了广东省政府提交的《关于建立和完善农村合作医疗保障制度议案的办理方案报告》，今后广东将以法律的形式来完善农村合作医疗保障制度。
据了解，广东省农村合作医疗产生于20世纪50年代中后期，至1975年底，参加人数近3686万人，占当时全省农业人口的89.2%，为解决农民的缺医少药起到了积极作用。但到20世纪80年代初，农村合作医疗却出现滑坡，1983年降至10.3%，1995年又降至7.1%。农民因病致贫的现象时有发生。20世纪90年代中期开始，广东省又大力推进农村合作医疗保障制度的建立，至2000年底，全省农村合作医疗保障制度人口覆盖率已上升为20.5%。珠江三角洲地区多数农村已经初步建立了农村合作医疗保障制度。
为了完善农村合作医疗保障制度，使农民也像城里人一样享有医疗保障，广东省决定以法律的形式推动农村合作医疗的发展。广东省政府决定从2002年起，用9年时间，分阶段推动农村合作医疗的发展。到2006年，全省大多数镇村初步建立农村合作医疗保障制度，参加合作医疗的人口覆盖率达到60%，力争2010年达到85%。
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