1999年我馆水下考古研究中心应香港政府邀请赴港参加竹篙湾水下文物调查,工作期间结交了陈来发等一批香港潜水人士,他们对国家水下考古事业非常关注,愿意赞助一个国内水下考古的发掘项目,我馆水下考古研究中心向他们全力推荐“南海1号”沉船的调查。经多次协商,2000年他们成立了香港“中国水下考古探索研究会”,并以研究会的名义赞助120万元人民币,中断多年的“南海1号”沉船发掘工作重新得以继续开展。2001年4月,经国家文物局批准,由中国历史博物馆水下考古学研究中心牵头,抽调全国水下考古专业人员组成“南海1号”沉船水下考古队。中国历史博物馆为此项目配套项目经费30万元。在本次调查中使用了旁侧声纳、浅地层剖面仪、差分GPS等先进科技手段,水下考古专业人员首次在水下探摸到了沉船遗址上散落的凝结物与文物标本,并将其做了精确的定位。同年10月,考古队对“南海1号”的位置进行了复查,再次探摸到大量瓷片,遗址的重新发现得到了确认。
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